تؤكد الأبحاث الطبية على أهمية وفوائد الزعتر الطبية في القضاء على الكثير من الأمراض، وذلك لاحتوائه على بعض المواد شديدة الفاعلية والتي من شأنها علاج بعض الأمراض، حيث يحتوي على مواد لها خاصية مسكنة للألم ومطهرة ومنشطة للدورة الدموية.
فاحتوائه على مادة الثيمول يزيد الشهية لتناول الطعام، والتي تعمل أيضاً على قتل الميكروبات وتطرد الطفيليات من المعدة، إضافة إلى مادة الكارفكرول وهي مسكنة ومطهرة للمعدة ومضادة للنزيف.هذا إلى جانب احتوائه على مواد مقوية للعضلات تمنع تصلب الشرايين وطاردة للاملاح، ومواد مضادة للأكسدة.
كما أن تناوله يساعد على تقوية الجهاز المناعي لدى الإنسان، وبالتالي الوقاية من مرض الإيدز، وأيضاً يساعد في علاج أمراض الجهاز التنفسي مثل الربو والسعال الديكي والالتهابات الشعبية، ويستخدم كمضاد للسموم داخل الجسم.والجدير بالذكر أن الزعتر يحتوي على مادة فاعلة تسمى التيمول والتي تعد من أهم المواد التي تدخل في تركيبة أدوية السعال.
ويستخدم أيضاً لتسكين آلام الأسنان والتهابات اللثة، وهذا ما يجعله أحد مكونات معاجين الأسنان.بالإضافة إلى كونه مطهراً ممتازاً للجروح ومنقي للأمعاء، وطارد للديدان ومبيد لجراثيم القولون.وأخيراً يعتبر الزعتر منشطاً ممتازاً لفروة الرأس، فهو يمنع تساقط الشعر ويجعله أكثر كثافة وينشطه.